东京召开首脑会议，地点是东京湾的新设施「Edge of Ocean」。这是一座，会议举办的5月1日当天，将动用2万2千人警方人员的超巨大设施。然而不料某天，竟发生了突如其来的大规模爆炸事件！其中，出现了可以掌控全国公安警察的警察厅秘密组织——通称「ZERO」组织的成员安室透的身影。为何不在会议当天，而选择在会议之前引爆呢？以及安室背地里诡异的行为，让柯南感到事情蹊跷不已。这时，现场证物上留下的指纹...

由于阿笠博士家的浴室出了故障，江户川柯南（高山南 配音）随同小兰（山崎和佳奈 配音）、灰原哀（林原惠美 饰）一同去大众浴池洗澡。期间柯南不小心滑倒撞到头部，随后被两名神秘的陌生人带走。一番混乱后，天才诈欺师娜娜（深见梨加 配音）和神秘杀手近藤（香川照之 配音）将失去记忆的柯南带到某处隐蔽的别墅，并伪装成他的父母，而追踪近藤他们的阿笠博士和灰原则遭遇严重车祸。娜娜所属的某个犯罪团伙似乎打算利用制造一...

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑...

在美国曼哈顿举行的艺术品拍卖会上，一度被认为毁于二战空袭的梵高亲笔临摹向日葵系列2号画作惊艳登场。财大气粗的铃木财团顾问的铃木次郎吉（富田耕生 配音）一骑绝尘，以三亿美元天价将其收入囊中。在之后的记者招待会上，铃木宣布将联系分散在世界各地收藏家手中的向日葵画作集结在日本，举行一次梦幻展览。为此，他聘请毛利小五郎（小山力也 配音）、展览企划负责人圭子•安德森（榊原良子 配音）、画作鉴定师宫台夏美（荣...

知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆，交谈中，他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中打探到她要与新...

神崎瞳（坂本真绫 配音）是一位平凡的十五岁高中女孩，她喜欢着田径队的学长天野，却又没有勇气将自己的心意告诉他。某日，瞳意外得知天野一家人即将移民，这也就意味着，瞳将再也无法见到学长了。与此同时，奇怪的场景和幻想接二连三的出现在了瞳的梦中，这真实的场面让瞳感到十分困扰。 在一个神秘声音的指引之下，瞳来到了异世界盖亚，现身于龙之铠甲艾斯嘉科尼之中。原来，瞳的真实身份是“羽翼之神”，亦是唯一能够拯救同黑...

春天的某日，柯南和小兰受服部平次和远山和叶的邀请，再一次来到大阪城观光。原本平平常常甚至有些无聊的行程，却因为三个少年的出现而变得乐趣横生。他们是江坂茧美、八木干彦和大泽健太，无论外貌还是长相都与远在东京的步美、光彦和元太极其相似。少年们找到平次，拜托他帮忙找出失踪的伙伴小智。柯南实在受不了平次安排的枯燥行程，于是答应了少年们的请求。众人经过一番推理，决定先从线索之一的大阪环线入手。平次在电车上无...

秋高气爽，清爽时节。柯南、毛利小五郎、目暮警官、阿笠博士、小兰等十几人受邀来到白鸟警官位于轻井泽的别墅度假。家境富裕的白鸟警官是一个葡萄酒收藏家，他的别墅内专门有贮藏各种名贵葡萄酒的酒窖。在参观过酒窖之后，众人开始各自行动。元太三个小孩在别墅内探险，小兰和柯南、平次、和叶在别墅周围散步。这里勾起了小兰和柯南往事的回忆。 天色将晚，众人纷纷返回餐厅，正当他们准备共进晚宴之时，却发现白鸟收藏的1961...

峰静香和佐也香母女拜托毛利小五郎保护家中的宝刀，原因是怪盗基德发出预告，将要盗取宝刀据为己有。听到谈话的少年侦探团自然不会错过这个大好机会，他们跟随小五郎和小兰来到峰家。在这里，他们遇见了蛮横的老婆婆、天真的剑客铁刃以及自信满满的风雷藏，当然还有峰家的奇怪宠物们。小五郎听信了雷藏的话，放心大胆地和剑十郎开怀畅饮起来。 到了指定时间，基德潜入峰家，不过他这一次的行动可不轻松。先是遭到宠物秃鹫的撞击，...

某天，柯南因感冒在家休息，期间接到了灰原哀的电话。原来灰原做出了APTX-4869的最新解药，虽然只是试制品，但一心恢复工藤新一身份的柯南仍然迫不及待赶往阿笠博士的实验室。服药后，新一终于回到原有状态，不过周遭的一切却似乎有所改变：博士院子里的树长高了，出现许多新的建筑物，体育老师变得苍老，班里的同学全是陌生面孔，甚至元太、光彦和步美也都变成高中生的模样。 他找到同样变成高中生的灰原，得知自己在过...