突然袭向全世界的一个前所未有的大灾难“第二次冲击”。这灾害令接近半数人类死亡，世界各地亦留下了大破坏的痕迹。正当人们以为终于回复和平日子的时候──14岁的少年碇真嗣被父亲召来第三新东京市。当他正等待迎接时，眼前的山间突然出现一只巨型生物！这是被称为“使徒”的神秘存在，它正与国连军展开激烈交战。受到爆风波及，陷入危机的真嗣。把他救出的是一位名为葛城美里的女性。乘坐美里的车来到特务机关NERV总部，真...