宫藤芳佳在破坏了尼乌罗伊巢的战斗中失去了魔法力。501部队解散后，她回到了故乡的扶桑，过着久违的平稳生活，但是在曾经担任上官的坂本他们的安排下，她决定去欧洲的医学学校留学。海军兵学校与坂本的学生服部静夏一起再次前往欧洲的宫藤。另一方面，以前的501部队的队员们也散落到各地，过着各自的生活,不过，把宫藤的再渡欧和新的neuroi的征候做为契机，再次开始聚集。这时，在去欧洲旅行的宫藤和静夏之前，出现了...

人类比太古,异形的存在和展开了战斗。在这场战斗中一直处于领先地位的，被称为具有魔法的“魔女”的10多岁少女。异形的存在,从祖国的侵略,为了保护人们,魔法力量增强飞行和可能的新的魔法扫帚=“单元”前锋身体接触,魔女们,发起了战斗。然后，到了1945年。高卢罗马涅,异形的存在“ネウロイ”的威胁下拯救了第501战斗航空团合并,俗称“条纹魔女”，在完成任务之后解散，魔女们飞向了各地。成员的一个人,宫藤芳佳...

宫藤芳佳加入了人类防线“第501统合战斗航空团”！……但关键的敌人·涅洛伊却迟迟不来，众人过着并非战斗而是忙于炊事洗衣的每一天。一边被充满个性的队员们折腾得团团转，时而吐槽时而响应，芳佳与愉快的魔女们怪怪的日常开始了！...